Ölüler Şehri'nin terk edilme nedenleri farklı tarihsel dönemlerde değişiklik göstermiştir: 1. Fatımi Dönemi: Nekropol, siyasi durumun kötüleşmesi ve Fustat'ın 1168'de yakılması nedeniyle önemini kaybetmiş olabilir. 2. Eyyubi Dönemi: Eyyubi hanedanı, bazı anıtları restore edip mezarlıkların bazı kısımlarını yeniden kentleştirmiş, ancak bu çabalar genel olarak başarısız olmuştur. 3. Osmanlı ve Memlük Dönemi: Fransızlar, hijyen gerekçesiyle şehir içindeki tüm cenaze törenlerini yasaklamış ve mezarlıkları yıkarak sakinleri Ölüler Şehri'ne taşımıştır. 4. Modern Dönem: 20. yüzyılda, hızlı kentleşme ve sanayileşme nedeniyle Ölüler Şehri, göç ve barınma sorunları nedeniyle tekrar terk edilmeye başlanmıştır.