Nefertiti'nin ölüm nedeni kesin olarak bilinmemektedir. Tarihçiler ve araştırmacılar, Nefertiti'nin akıbeti hakkında çeşitli teoriler ortaya atmışlardır: Veba: Bazı teoriler, Nefertiti'nin ve kızları Meketaten, Setepenre ve Neferneferure'nin, Akhenaton'un saltanatının 12. yılında şehri kasıp kavuran bir veba nedeniyle öldüğünü öne sürmektedir. Siyasi Nedenler: Nefertiti'nin, yeni dini yapısı ve reformları nedeniyle tapınak rahiplerinin ve halkın hoşnutsuzluğuyla karşı karşıya kaldığı ve bu nedenle ölmüş olabileceği düşünülmektedir. Emeklilik: Bir rivayete göre, Akhenaton'dan ayrılarak Thebes'te huzurlu bir emeklilik geçirmiş olabilir. Nefertiti'nin mezarı henüz bulunamamıştır.