Nakşidil Sultan'ın kökeni hakkında kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, Kafkas kökenli olabileceği düşünülmektedir .
Bazı kaynaklarda, Fransız imparatoru Napolyon Bonapart'ın eşi Josephine'in kuzeni olduğu iddia edilse de, bu iddiaların doğruluğu kanıtlanmamıştır .