Molla Zeyrek Camii'nin hikayesi şu şekildedir: - Eski Adı ve İnşası: Cami, Bizans döneminde Pantokrator Manastırı olarak inşa edilmiştir ve İmparator II. Loannes Komnenos'un eşi Macar Kralı Laszlo'nun kızı Eirene tarafından başlatılmıştır. - Fetih Sonrası: İstanbul'un 1453 yılında Fatih Sultan Mehmet tarafından fethinden sonra, manastır medreseye dönüştürülmüş ve camiye çevrilmiştir. - İsmin Kaynağı: Camiye, medresenin müderrisi olan ve "akıllı, bilgili, anlayışlı ve zeki" anlamlarına gelen "Zeyrek" lakaplı Molla Mehmet Efendi'nin ismi verilmiştir. - Restorasyonlar: 1766 depreminde hasar gören cami, III. Mustafa döneminde onarılmış; 1950'li yıllarda yine harap duruma düşen yapı, 1966'da Vakıflar idaresi tarafından restore edilmiştir. - UNESCO Listesi: 1986 yılında UNESCO tarafından Dünya Mirası Listesi'ne dahil edilmiştir.