Molla Zeyrek'in hikayesi, aslen Pantokrator Manastırı olarak 12. yüzyılda inşa edilen ve İstanbul'un fethinden sonra camiye dönüştürülen Molla Zeyrek Camii ile ilişkilidir. Molla Zeyrek, asıl adı Mehmed olan ve Hacı Bayrâm-ı Velî’nin yanında eğitim almış bir alimdir. Molla Zeyrek, caminin bulunduğu semtteki medreseye müderris olarak atanmıştır. Molla Zeyrek'in hayatı, kaynaklarda genellikle menkıbevî anekdotlar halinde yer alır ve ömrünün geri kalan kısmını talebe yetiştirmek ve kitap mütalaa etmekle geçirdiği belirtilir. Molla Zeyrek'in vefat tarihi hakkında kesin bilgi yoktur, ancak bazı kaynaklarda ölüm yılı 879 (1474) olarak verilir.