Mızıkanın suya girmemesi gerektiği, temizleme amacıyla açıklanabilir. Mızıka kullanıldıktan sonra, içinde biriken tükürük ve kirlerin temizlenmesi için kuru bir bezle silinmelidir 5. Eğer mızıkanın içi de kirlenmişse, yan kapakçıkları sökülerek plakalar çıkarılmalı ve yumuşak bir fırça ile temizlenmelidir 5. Ancak, rid olarak adlandırılan metal şeritlere dokunulmamalı veya çok dikkatli temizlenmelidir, çünkü bu şeritlerin zarar görmesi mızıkadan çıkan sesin bozulmasına veya hiç ses çıkmamasına yol açabilir 5.

Mızıkayı suya sokmak, özellikle ahşap veya metal taraklı modellerde, bu parçaların zarar görmesine ve mızıkanın kullanılamaz hale gelmesine neden olabilir. Plastik taraklı modellerde ise su ve sabun kullanımı, tarağın paslanmasına yol açabilir 23.