Merlin'in ilk sezonu, Kral Uther tarafından yönetilen Camelot Krallığı'nda büyü yapmanın yasak olduğu bir dönemde geçmektedir. Dizinin konusu, doğaüstü yeteneklere sahip genç Merlin'in, ileride tahta geçecek Prens Arthur ile tanışması ve aralarında başlayan rekabeti konu alır. İlk sezonda ayrıca, Merlin'in annesinin onu eğitmek için Kral Uther'in saray doktoru Gaius'un yanına göndermesi ve Merlin'in büyüsünü gizlemeye çalışması gibi olaylar da işlenir.