Megadeth'in en iyi albümü konusunda kesin bir görüş birliği yoktur, ancak bazı kaynaklar tarafından öne çıkan albümler şunlardır: 1. "Rust in Peace" (1990): Genellikle en iyi Megadeth albümü olarak kabul edilir ve thrash metalin önemli kayıtlarından biri olarak gösterilir. 2. "Countdown to Extinction" (1992): Ticari olarak en başarılı albümlerinden biri olup, Billboard 200 listesinde 2. sıraya kadar yükselmiştir. 3. "Peace Sells... But Who's Buying?" (1986): Eleştirmenler tarafından thrash metal klasiği olarak değerlendirilir. Diğer beğenilen albümler arasında "Endgame" (2009) ve "Killing Is My Business... And Business Is Good!" (1985) da bulunmaktadır.