Makedonya'nın eski bayrağının değişmesinin sebebi, Yunanistan'ın, bayrakta yer alan Vergina Güneşi'nin kendi tarihi mirası olduğunu iddia ederek baskı uygulamasıydı. Makedonya, 1991 yılında bağımsızlığını ilan ettikten sonra, "Vergina Güneşi" adı verilen antik bir güneş sembolünü içeren bir bayrak benimsemişti. Uluslararası baskılar ve diplomatik anlaşmazlıklar sonucunda, 1995 yılında Makedonya, mevcut bayrak tasarımını kabul etti. Yunanistan, bu değişiklikle Makedonya'nın "Kuzey Makedonya Cumhuriyeti" ismini alması sonucunda, toprak kaybı endişesinin ortadan kalkacağını düşünüyordu.