Koca Mustafa Paşa, Yavuz Sultan Selim'in (I. Selim) saltanatının ilk yıllarında, Şehzade Ahmet ile irtibatının sürdüğü dedikoduları ve şüpheleri nedeniyle 1512 yılında idam edilmiştir. Ayrıca, bazı kaynaklarda padişahı İstanbul'dan uzaklaştırmak istediği ve Şehzade Ahmet üzerine yürümesini sağladığı, ardından el altından Şehzade Ahmet'e haber göndererek onun Amasya'yı almasına yol açtığı, amacının İstanbul'u karışıklıklar içerisine düşürüp Selim'i zor durumda bırakmak olduğu belirtilmektedir. Venedik kaynakları, Mustafa Paşa'yı aşırı derecede tamahkâr, habis ve kaypak bir şahıs olarak tanıtmaktadır. Bazı kaynaklarda ise Mustafa Paşa'nın suçsuz yere idam edildiği ifade edilmektedir.