İlhan Bardakçı, 27 Şubat 2004 tarihinde Almanya'nın Giessen şehrinde, böbrek yetmezliği ve şeker hastalığı nedeniyle vefat etmiştir. Bardakçı, 1985 yılında Türkiye hakkındaki bilgi ve belgeleri Irak ve Libya'ya sızdırdığı iddiasıyla yargılanmış ve 15 yıl hapis cezasına çarptırılmıştır.