Homunculus mangası, ana karakter Susumu Nakoshi'nin, tıbbi öğrenci Manabu Itoh tarafından yapılan trepanasyon ameliyatı sonrası insanların kusurlarını karikatürize eden homunculileri görmeye başlamasını konu alır. Manga, Nakoshi'nin kendini arama, birinde kendini bulma ve kendini birisine kabul ettirme çabasını anlatır. Ayrıca, mangada homunculilerin, insan fiziği ve aklı kazanmış yapay varlıklar olduğu ve çıkarcı, acımasız yaratıklar olarak tasvir edildiği de belirtilmektedir.