Hakan Fidan, Kara Kuvvetleri Muhabere Okulu ve Kara Kuvvetleri Dil Okulu mezunudur. Akademik tahsilinin büyük kısmını ise Türk Silahlı Kuvvetleri'ndeki görevi esnasında, University of Maryland University College'da Siyaset ve Yönetim Bilimi alanında lisans yaparak tamamlamıştır. Ayrıca, Bilkent Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü'nden yüksek lisans ve doktora dereceleri almıştır.