Emir Bayındır Kümbeti'nin hikayesi, 1481 yılında Akkoyunlu Hükümdarı Sultan Yakub’a karşı isyan ederek verdiği savaşta öldürülen Akkoyunlu Türkmen beylerinden Emir Bayındır'a dayanmaktadır. Kümbeti, Emir Bayındır'ın eşi Şah Selime Hatun yaptırmıştır. Yapım süreci ile ilgili bir diğer bilgi ise, kümbetin Azerbaycanlı bir mimar tarafından yapıldığı düşüncesidir.