Dücane Cündioğlu'nun en iyi kitabının hangisi olduğuna dair kesin bir yanıt vermek mümkün değildir, çünkü bu, kişisel tercihlere bağlıdır. Ancak, en popüler ve bilinen bazı eserleri şunlardır: "İnadına Yaşamak"; "Hakikat ve Kölelik"; "Felsefenin Direnişi"; "Hz. İnsan"; "Ölümün Dört Rengi". Ayrıca, "Söz’ün Özü", "Anlamın Buharlaşması ve Kur’an", "Kur’an Çevirilerinin Dünyası" gibi kitapları da geniş bir okuyucu kitlesi tarafından ilgi görmektedir.