Çekya değişim programı, öğrencilerin eğitim gördükleri ülkeden başka bir ülkedeki okulda eğitim almalarına olanak tanıyan bir programdır. Çekya'daki popüler değişim programları arasında şunlar bulunur: 1. Erasmus: Avrupa Birliği tarafından finanse edilen, öğrencilerin Avrupa'daki herhangi bir ülkede eğitim almasını sağlayan bir programdır. 2. Mevlana: YÖK tarafından düzenlenen, diploma denklikleri tanınan üniversiteler arasında yapılan bir değişim programıdır. 3. Çift Diploma Programı: Öğrencilerin Çekya'da 2 yıl eğitim aldıktan sonra üçüncü yılı başka bir ülkede okuyarak iki diploma almalarına olanak tanır. Değişim programlarına katılmak için genellikle belirli akademik başarı, dil yeterliliği ve motivasyon mektubu gibi şartları yerine getirmek gerekmektedir.