Bozcaada'nın en güzel koyları arasında öne çıkanlar şunlardır: 1. Tuzburnu Koyu: Bakir ve tertemiz bir koy olup, gün batımı için Tuzburnu Feneri'ne çıkmak idealdir. 2. Akvaryum Koyu: Berrak ve temiz denizi ile dalış ve şnorkel için idealdir, ancak tesis bulunmamaktadır. 3. Ayazma Koyu: İnce kumları ve turkuaz rengi denizi ile popüler bir koy olup, plaj tesisleri mevcuttur. 4. Sulubahçe Koyu: Minibüs güzergahında olduğu için sıkça tercih edilen, ıssız ve sakin bir koydur. 5. Beylik Koyu: Gün batımında eşsiz manzaralar sunan, kalabalıktan uzak bir koydur.