Alemdar Mustafa Paşa, 15-16 Kasım 1808'de gerçekleşen Alemdar Vakası olarak bilinen yeniçeri isyanı sırasında ölmüştür 123.

İsyan sırasında, Yeniçeriler Alemdar'ın kaldığı Babıali'yi basmış ve Sekbanların karşı koyması üzerine ateşe vermişlerdir 13. Saraydan yardım alamayan Alemdar, barut mahzenini ateşlemiş ve bulunduğu yeri havaya uçurmuştur 134. Patlama sonucunda yüzlerce yeniçeri ölmüştür 34. Patlamadan iki gün sonra altın ve mücevher aramak amacıyla gelen yağmacılar, Alemdar Mustafa Paşa, baş kadını ve harem ağasının cesetlerini bulmuştur 34.

Alemdar Mustafa Paşa'nın ölüm nedenleri arasında, İstanbul'daki adamlarının yağmalara karışması ve Yeniçeriler'in Nizam-ı Cedit'i yeniden kurma ve yeniçeri ocaklarında yolsuzluk tespiti yapma girişimleri de yer almaktadır 13.