Ağlı halkının kökeni, tarih öncesi dönemlere kadar uzanmaktadır . Bölgede çeşitli uygarlıkların yaşadığı ve bu nedenle halkın farklı kültürlerden etkilendiği düşünülmektedir .
Özellikle M.Ö. 1100-700 yılları arasında Kastamonu ve çevresinde egemenlik kuran Paflagonyalılar, Ağlı ve çevresinin erken yerleşimcilerindendir .