İkamet harcı ödemeleri iki farklı yöntemle yapılabilir: 1. e-İkamet Sistemi Üzerinden Ödeme: Kısa dönem ikamet izni başvuruları tamamlandıktan sonra, başvuru arayüzünde yer alan "ödeme yap" seçeneği ile ödeme yapılabilir. 2. Vergi Dairesine Ödeme: İlk kez ikamet izni alacak kişiler, vergi dairesine giderek harç ödeme numarası almalı ve bu numara ile gerekli harçları yatırmalıdır. Ödeme için gerekli kodlar şunlardır: 9233 - Göç İdaresi İkamet Harcı ve 9207 - İkametgâh Tezkeresi Defter Satış Bedeli.