Sedat Peker, farklı dönemlerde çeşitli cezaevlerinde yattı: 1. Bayrampaşa Cezaevi: 1998 yılında Romanya'dan Türkiye'ye dönüp teslim olduktan sonra burada tutuldu. 2. Kandıra F Tipi Cezaevi: Ergenekon davası nedeniyle burada tutuklu kaldı ve 2014 yılında tahliye edildi.