Sayıştay Başkanı, Türkiye Büyük Millet Meclisi (TBMM) tarafından seçilir. Seçim süreci şu şekilde gerçekleşir: 1. Başvuru ve Değerlendirme: Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlık Divanı'nın belirlediği komisyon, aday başvurularını inceler ve uygun olanları oylama için belirler. 2. Oylama: Türkiye Büyük Millet Meclisi Genel Kurulu'nda gizli oyla seçim yapılır. 3. Görev Süresi: Sayıştay Başkanı'nın görev süresi beş yıldır ve bir kimse en fazla iki defa bu göreve seçilebilir.