Pîrî Reis, Hürmüz muhasarasını kaldırmak ve donanmasını geride bırakmak suçlarından divan kararıyla idam edilmiştir .
Ayrıca, Basra Valisi Ramazanoğlu Kubad Paşa'ya para yedirmemesi ve bölgedeki Müslüman halkın Portekizlilere yardım etmesi nedeniyle de kızması ve şehri yağmalatması, idam sürecinde etkili olan diğer faktörler arasında yer almaktadır .