Murat Hüdavendigar Üniversitesi, 15 Temmuz 2016'da gerçekleştirilen askerî darbe girişimi sonrasında 667 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname doğrultusunda kapatıldı .
Üniversite, "milli güvenliğe tehdit oluşturduğu tespit edilen Fethullahçı Terör Örgütüne (FETÖ/PDY) aidiyeti, iltisakı veya irtibatı belirlenen" kurumlar arasında yer alıyordu .