Murat Hüdavendigar Üniversitesi, 15 Temmuz 2016'da gerçekleştirilen askerî darbe girişimi sonrasında, 667 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname doğrultusunda kapatıldı .
Üniversitenin kapatılma nedeni, "milli güvenliğe tehdit oluşturduğu tespit edilen Fethullahçı Terör Örgütüne (FETÖ/PDY) aidiyeti, iltisakı veya irtibatı belirlenen kurumlar arasında yer alması" olarak gösterildi .