Milli Güvenlik Kurulu (MGK) ve Cumhurbaşkanlığı arasındaki ilişki, Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi'ne göre şu şekilde özetlenebilir: Bağımlılık: MGK, Anayasanın 118. maddesi gereğince, 15.07.2018 tarih, 6 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Cumhurbaşkanına bağlı olarak yeniden düzenlenmiştir. İşlevsellik: MGK, devletin milli güvenlik siyasetinin tayini, tespiti ve uygulanması ile ilgili tavsiye kararları alır ve gerekli koordinasyonun sağlanması konusundaki görüşlerini Cumhurbaşkanına bildirir. Toplantı ve Kararlar: MGK toplantıları Cumhurbaşkanı başkanlığında yapılır ve alınan kararlar Cumhurbaşkanınca değerlendirilir. Bu düzenlemeler, MGK'nın işleyişinde ve yapısında parlamenter hükümet sisteminden Cumhurbaşkanlığı hükümet sistemine geçişle birlikte değişiklikler olduğunu göstermektedir.