Göç İdaresi Başkanlığı'na bağlı ilçe müdürlükleri, Türkiye'deki birçok ilçede hizmet vermektedir. Bazı ilçeler ve bağlı oldukları il müdürlükleri: Adana Ceyhan; Ağrı Doğubayazıt; Ankara Altındağ; Antalya Alanya, Kaş, Kemer, Manavgat; Aydın Didim, Kuşadası, Efeler; Balıkesir Ayvalık; Çanakkale Ayvacık; Erzurum Aşkale; Gaziantep Oğuzeli; Hatay Reyhanlı, İskenderun. Ayrıca, İstanbul'un Beşiktaş, Beylikdüzü, Pendik, Kadıköy, Sultanbeyli, Bakırköy, Fatih, Küçükçekmece, Ataşehir, Başakşehir ve Gaziosmanpaşa ilçeleri de Göç İdaresi Müdürlüğü'nün yetki alanına girmektedir. İlçe müdürlüklerinin tam listesine Göç İdaresi Başkanlığı'nın resmi web sitesinden ulaşılabilir.