Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'na bağlı ana ast komutanlıkların bulunduğu iller şunlardır: 1. Ankara: Deniz Kuvvetleri Karargahı. 2. Gölcük, Kocaeli: Donanma Komutanlığı. 3. İstanbul: Kuzey Deniz Saha Komutanlığı ve Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı. 4. İzmir: Güney Deniz Saha Komutanlığı.