Erdal İnönü, 6 Haziran 1993 tarihinde basına yaptığı bir açıklamayla, partisinin Eylül ayındaki kurultayında genel başkanlığa aday olmayacağını duyurarak aktif siyasetten çekildiğini açıklamıştır. İnönü, bu kararı almasında, demokrasilerde istifalar sonrası kurulacak yeni yönetimlerle yola devam edilmesinin doğal olduğunu ve genç insanların sorumluluk alarak daha iyi sonuçlara ulaşacağına inandığını gerekçe göstermiştir. Ayrıca, 2001 yılında CHP Genel Başkanı Deniz Baykal'ın bazı uygulamalarına tepki göstererek CHP'den de istifa etmiştir. Erdal İnönü, siyasetten ayrıldıktan sonra akademik çalışmalara yönelmiş ve Sabancı Üniversitesi'nde bilim tarihi dersleri vermiştir.