Prof. Dr. Cem Say, Boğaziçi Üniversitesi'nden iki kez görevden alınması nedeniyle ayrılmıştır. İlk olarak, 2 Nisan 2024 tarihinde Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı Başkanlığı görevinden alınmıştır. Ancak, daha sonra açtığı dava sonucunda mahkeme kararıyla 14 Ağustos 2024 tarihinde görevine iade edilmiştir.