Şenkal Atasagun, ekibinin Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ı yanlış bilgilendirmesi nedeniyle 2003 yılında İstanbul'daki sinagoglara yönelik intihar saldırılarının ardından istifa dilekçesini sunmuştur . Ancak Başbakan, istifayı kabul etmeyerek Atasagun'a görevine devam etmesini istemiştir .
Atasagun, 2005 yılında ise emekli olmuştur .