Eczaneler hem devlet tarafından hem de özel kuruluşlar tarafından denetlenmektedir. Devlet tarafından yapılan denetimler şu kurumlar tarafından gerçekleştirilir: İl Sağlık Müdürlüğü; Sağlık Bakanlığı müfettişleri; Sosyal Güvenlik Kurumu. Özel kuruluşlar tarafından yapılan denetimler ise Eczacı Odası denetçi eczacıları tarafından gerçekleştirilir. Ayrıca, Hazine ve Maliye Bakanlığı'na bağlı müfettişler de ödeme kaydedici cihaz ve pos cihazı entegrasyonu, fiş ve fatura işlemleri, kira ödemeleri, envanter, kayıt dışı istihdam gibi konularda denetimler yapmaktadır.