Sofular Mağarası'nın önemli olmasının bazı nedenleri: Paleoiklim araştırmaları: Mağaradan elde edilen sütun örnekleri (sarkıt, dikit), yaklaşık 300 bin yıl öncesinden günümüze kadar olan dönem hakkında iklimsel kayıtlar içerir. Bilimsel çalışmalar: Karadeniz’in hidrolojisindeki büyük değişimler ve çökel tarihçesi hakkında önemli bilgiler sunar. Yarasa ve fare kolonileri: Mağarada yarasa kolonileri bulunur ve bu nedenle Doğa Derneği tarafından “Önemli Tabiat Alanı” olarak tanımlanmıştır. Doğal laboratuvar: Yeraltı sularında günümüzdeki boşalım ve dolum ile ilgili değişiklikleri izlemek ve küresel ısınmaya karşı mağaranın tepkisini ölçmek için doğal bir laboratuvar olarak kullanılır.