Şampiyon Secretariat, 1989 sonbaharında laminitis (toynak iltihabı) hastalığına yakalandı . Bir ay süren tedaviye rağmen durumu düzelmeyen Secretariat, 4 Ekim 1989'da 19 yaşındayken uyutulmak suretiyle hayatına son verildi .
Secretariat'ın kalbi, normal bir atın iki buçuk katı büyüklüğündeydi .