Planktonun en büyük düşmanları arasında predatörler ve çevresel değişiklikler yer alır. Predatörler, planktonik organizmaları tüketen balıklar, kopepodlar ve diğer zooplankton türleri planktonun doğal düşmanlarıdır. Çevresel değişiklikler, özellikle küresel ısınma ve besin maddelerinin artışı, plankton popülasyonlarını olumsuz etkiler.