Pigme balinaların nadir görülmesinin birkaç nedeni vardır: Yaşam alanlarının dışında gözlemlenme: Pigme balinalar genellikle denizlerde görünmez ve yaşam alanları dışında gözlemlenen bireyler, kesin bir doğal yaşam ve göç haritası oluşturmayı zorlaştırır. Derin suları tercih etme: Bu balinalar, çoğunlukla derin suları tercih eder ve okyanus yüzeyinde nadir görünürler. Nadir karşılaşmalar: Nadir görülmeleri, davranışları hakkında kesin bilgilere ulaşmayı da zorlaştırır. Kontrolsüz balıkçılık tehditleri: Ticari balıkçılık tarafından atılan balık ağlarına yakalanmaları, popülasyonlarını tehdit eder. Ayrıca, pigme balinaların toplam nüfusu da bilinmemektedir.