Pamuk başlı tamarinlerin yok olmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Ormansızlaştırma Faaliyetleri: Kolombiya'nın kuzeybatısındaki yaşam alanlarının büyük bir kısmının yok edilmesi, tamarinlerin doğal habitatlarını daraltmıştır. 2. Yasa Dışı Avlanma: Evcil hayvan olarak talep görmesi nedeniyle yasa dışı avlanmaya maruz kalmaları. 3. İklim Değişikliği: Kurak mevsimlerde dişi tamarinlerin doğum yapamaması, türün üremesini olumsuz etkilemektedir. 4. Bilimsel Deneyler: 1960-1973 yılları arasında 40.000'den fazla tamarinin hastalık ve ilaç üzerine yapılan deneylerde kullanılmak üzere anavatanlarından ihraç edilmesi.