Malatya'nın suyu, Fırat havzası ve çevresindeki yer üstü ve yer altı su kaynaklarından gelmektedir. Başlıca su kaynakları: - Tohma suyu, Kuruçay ve Fırat nehri gibi akarsular. - Sürgü çayı ve Beylerderesi gibi vadiler. - Gündüzbey Kaptaj Tesisi, şehrin içme suyu ihtiyacını karşılayan bin yıllık doğal su kaynağıdır.