Kristal kuvars, tüm çakralarla uyumlu çalışabilen bir doğal taştır. Ancak, kristal kuvarsın özellikle Üçüncü Göz Çakrası (Brow Çakra) ve Taç Çakrası (Crown Çakra) ile güçlü bir bağı olduğu kabul edilir. Kristal kuvarsın diğer çakralarla uyumlu olduğu bazı temel bağlantılar şu şekildedir: Sakral Çakra: Cinsel enerji ve üretim enerjisini kontrol eder. Güneş Sinir Ağı: Mide, karaciğer ve dalak gibi organların bulunduğu bölgedir. Kalp Çakrası: Bağışıklık sistemiyle ilişkilidir. Kök Çakra: Bel kemiği ve bacakların arasındaki bölgedir. Boğaz Çakrası: Tiroid bezinin bulunduğu bölgedir. Doğal taşların çakralarla uyumu bilimsel olarak kanıtlanmamıştır.