Kuşadası, Yavansu Fayı, Kuşadası Fay Zonu ve Kalafat Fayı gibi aktif fay hatlarının üzerinde yer almaktadır. Ayrıca, Kuşadası Körfezi'nde de aktif fay hatları bulunmaktadır. Kuşadası, aynı zamanda Sisam Adası'ndaki fay hatlarından da etkilenebilmektedir; bu fay hatları batıya doğru deprem üretmektedir.