Kapibaralar, kemirgenlerle akraba olarak kabul edilir çünkü evrimsel olarak kobay fareleri (guinea pigleri) ile yakın bir ilişkiye sahiptirler. Bu benzerlik, özellikle iki türün dış görünüşleri ve genetik yapıları incelendiğinde ortaya çıkar. Kapibaraların ön ayaklarının hafif paletli olması, yaşamlarında sulak alanların önemini gösterir. Kapibaralar, aynı zamanda kunduz gibi görünmelerine rağmen, büyük kemirgenler olarak sınıflandırılır.