Kangal köpeklerinin en büyük sorunlarından biri, iklim değişikliğinin etkileri nedeniyle üreme sorunlarının yaşanmasıdır . Mevsim kaymaları ve kar yağışlarının azalması, kangalların eşleşme döngüsünü geciktirmiş ve yavru üretimini azaltmıştır .
Diğer önemli sorunlar arasında kalça displazisi, göz kapağının içe doğru yuvarlanması (entropion) ve dirsek displazisi gibi genetik hastalıklar da yer almaktadır .