Japon bahçelerinde yaygın olarak kullanılan bazı ağaç türleri şunlardır: Çam Ağacı: Erkekliğin kudreti ve uzun ömürlülüğü temsil eder. Akçaağaç: Özellikle sonbaharda renk değiştiren yaprakları ile ünlüdür. Sakura (Kiraz Çiçeği): Japon kültüründe özel bir yere sahiptir, baharda çiçek açar. Erik Ağacı: Baharın müjdecisi olarak bilinir. Mabet Ağacı: Kutsal kabul edilir ve mabetlerin yakınına dikilir. Söğüt Ağacı: Japon bahçelerinde kullanılır. Servi ve Sedir Ağaçları: Japon bahçe sanatında yer alır. Ayrıca, Japon bahçelerinde bonsai ağaçlar da bulunur.