İnciraltı Denizi'nin kirli olmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Kanalizasyon ve Yağmur Sularının Karışımı: Arıtma tesislerinde yeterli şekilde arıtılamayan kanalizasyon sularının denize deşarj edilmesi, deniz kirliliğini artırıyor. 2. Tarımsal Faaliyetler: Tarım alanlarında kullanılan zararlı kimyasalların toprağa karışıp yeraltı sularıyla denize gelmesi de kirliliğe katkıda bulunuyor. 3. Aşırı Alg Üretimi: Deniz marullarının (alglerin) aşırı popülasyon artışı, sudaki kirliliğin bir sonucu olarak ortaya çıkıyor ve bu organizmalar denizin yüzeyini kaplayarak oksijenlenmeyi engelliyor. Bu sorunların önlenmesi için arıtma tesislerinin kapasitesinin artırılması ve yağmur sularını kanalizasyondan ayıran bir sistemin oluşturulması gerekiyor.