Gönen Çayı'nın siyah akmasının nedeni, sanayi tesislerinin atıklarını arıtmadan çaya boşaltmasıdır .
Bu durum, özellikle resmî tatil günlerinde daha da kötüleşmekte ve çaydaki balıkların ve diğer canlıların toplu ölümüne yol açmaktadır . Ayrıca, kirliliğin Marmara Denizi'nin de kirliliğini artırdığı belirtilmektedir .