Estonya'ya özgü hayvanlardan bazıları şunlardır: Rakun köpeği. Altın çakal. Kızıl tilki. Avrupa vizonu. Avrupa su samuru. Kahverengi ayı. Yaban domuzu. Karaca. Estonya'da ayrıca 328 kuş türü, 75 memeli türü, 65 balık türü, 11 amfibi türü ve beş sürüngen türü bulunmaktadır.