Biyoçeşitliliğin en fazla olduğu göller arasında Eğirdir, Beyşehir, Burdur ve Van gölleri gibi büyük göller öne çıkmaktadır 4. Bu göller, sucul ekosistemlerde zengin bir tür çeşitliliğine ev sahipliği yapmaktadır 4.

Ayrıca, genel olarak ekvatora yakın olan tropikal göller ve mercan resifleri de yüksek biyoçeşitlilikle bilinir 25.

Biyoçeşitlilik, coğrafi koşullara ve ekosistemlere bağlı olarak değiştiği için, en fazla biyoçeşitliliğe sahip göller konusunda kesin bir sıralama yapmak zordur.