Aksaray Malaklısı, Kangal, Akbaş ve Kars çoban köpeklerinden genetik olarak farklı bir ırk olarak kabul edilmektedir. Bu görüş, yapılan genetik çalışmalar ve analizler sonucunda ortaya çıkmıştır. Aksaray Malaklısı'nın, Orta Doğu'nun yerel mastif köpek ırkları ile Türkistan'daki çoban köpeklerinin çiftleştirilmesiyle oluştuğu düşünülmektedir. Ancak, ırkın kökeni hakkında geniş ve kanıtlanmış bir bilgi birikimi bulunmamaktadır.