Santorini'deki depremler, Hellenik Yayı olarak bilinen ve Afrika plakasının Avrasya plakasının altına dalması sonucu oluşan aktif bir dalma-batma zonu nedeniyle meydana gelmektedir. Bu tektonik süreç, Ege Volkanik Arkı'nın ve Santorini ile Kolumbo gibi volkanların oluşmasına yol açmıştır.