Yunus Emre'nin ilk üç bölümü genel olarak kahramanın yolculuğuna odaklanır. 1. Birinci bölüm: Yunus, Sivrihisar'a doğru yolda iken Tapduk Emre olduğunu bilmediği bir ihtiyarla tanışır. 2. İkinci bölüm: Kadı Yunus, yolda rastladığı cinayet davasının üzerine gider ve cinayeti çözmeye çalışır. 3. Üçüncü bölüm: Yunus, Tapduk Emre'ye intisap edip onun müridi olur ve dervişlik hırkasını giyer. Bu bölümlerde Yunus'un makam ve mevkisini terk ederek manevi bir yola çıkışı ve dergâhtaki ilk günleri anlatılır.