Yılmaz Erdoğan'ın en iyi filmi konusunda kesin bir görüş yoktur, ancak bazı eleştirmenler ve izleyiciler tarafından beğenilen filmleri şunlardır: 1. "Kelebeğin Rüyası" (2013) - Yılmaz Erdoğan'ın yazıp yönettiği, II. Dünya Savaşı zamanında yaşayan genç şairler Rüştü Onur ve Muzaffer Tayyip Uslu'nun hayatını anlatan film. 2. "Organize İşler: Sazan Sarmalı" (2019) - Yılmaz Erdoğan'ın hem yönettiği hem de başrol oynadığı, ilk filmin devamı niteliğindeki komedi ve aksiyon filmi. 3. "Ekşi Elmalar" (2016) - Yılmaz Erdoğan'ın yazıp yönettiği, Hakkari'den Antalya'ya uzanan bir ailenin hikayesini anlatan komedi-drama.