X-Men: Son Direniş (X-Men: The Last Stand) filmi, mutantların liderleri Charles Xavier ve Magneto arasındaki görüş ayrılığını konu alır. Yeni keşfedilen bir tedavi yöntemi, mutantlara normal insanlar gibi yaşama fırsatı sunar. Bu durum, mutantlar ile insanlar arasında son bir savaşın temellerini atar.